En 1948, luego del incendio que sufriera el Palacio de Gobierno en ese año, se decidió trasladar todo el acervo documental generado durante el siglo XIX por las prefecturas y el Poder Ejecutivo del Estado al entonces recién construido edificio de la Biblioteca de la Universidad de Sonora. Sería hasta septiembre de 1975, cuando el Prof. Armando Quijada Hernández, director del Museo de la Universidad de Sonora, localizó en uno de los sótanos de ese recinto este acervo integrado por una importante colección de manuscritos, impresos y otros documentos originales del siglo XIX, colocados en grandes carpetones y en orden cronológico. Por iniciativa suya, estos documentos serían transferidos de regreso a la custodia del Gobierno del Estado, aunque no de forma inmediata.

Sería en 1984, cuando se creó la Dirección de Documentación y Archivo, dependiente de la Oficialía Mayor del Estado de Sonora, cuando se concretó la tarea de recuperar el archivo histórico del Poder Ejecutivo que se localizaba en la Universidad de Sonora. A su vez, el Congreso del Estado envió su archivo histórico, conformándose así un importante acervo, que fue incrementado once años después, en 1995, con cuatrocientos cuatro libros de protocolos de instrumentos públicos que fueron transferidos de la Dirección General de Notarías y el total del Archivo del Poder Judicial, integrado por expedientes del Supremo Tribunal de Justicia y de los Juzgados de Primera Instancia.

El primer recinto que albergó a la Dirección de Documentación y Archivo fue el edificio del antiguo Banco de Sonora (hoy sede del Instituto Sonorense de Cultura), donde permaneció hasta el año de 1989 en que fue trasladado al edificio que ocupa actualmente sito en Garmenda 157 entre Serdán y Elías Calles. Al año siguiente, la Dirección de Documentación y Archivo cambió su nombre al de Dirección General de Documentación y Archivo, quedando adscrita a la Secretaría de Gobierno. Cuatro años después, en 1994, al fusionarse los departamentos de Archivo Histórico y Archivo Administrativo, nuevamente cambió de nombre, ahora al de Archivo General del Estado, como se le conoce hasta la actualidad.

En la primera década del presente siglo, los fondos históricos del Poder Judicial y del Congreso se reintegraron a esos poderes al haber desarrollado y gestionado sus propios archivos, por tanto, en el presente, el Archivo General del Estado resguarda los siguientes fondos:

· Títulos primordiales, siglos XVII-XIX

· Ejidos/Ejidos Antiguos, siglos XIX-XX

· Ejecutivo, siglo XIX

· Prefecturas, siglo XIX

· Oficialía Mayor, siglo XX

· Notarías, siglos XVIII-XX

· Hemeroteca, siglos XIX-XX

· Fototeca, siglos XIX-XX

· Mapoteca, siglos XIX-XX

· Gobernadores, segunda mitad del siglo XX

· Boletín Oficial, siglos XIX-XXI